Байкальский заповедник расположен в южной части республики Бурятия. Большая часть заповедника расположена на территории хребта Хамар-Дабан. Условно заповедник разделяют на 2 части: большую - северную (северный макросклон хребта и полосу байкальского побережья) и малую - южную. Охватывает территорию в 165,7 тыс. га горного массива. Границы заповедника проходят по рекам Мишиха и Выдринная. Северная граница проходит по берегу озера Байкал.
Заповедник создали в 1969 г. для сохранения экосистем побережья Байкала и центральной части хребта Хамар-Дабан.
В 1985 году под юрисдикцию заповедника передали территорию федерального заказника "Кабанский" в дельте реки Селенги. Он отнесен к водно-болотным угодьям международного значения (Рамсарская конвенция). В 1986 году заповедник был включен в международную сеть биосферных резерватов ЮНЕСКО С 1996 года территория заповедника и заказника входит в состав участка Всемирного природного наследия «Озеро Байкал».